Moon Geun Young sinh trưởng trong gia đình trí thức - cha làm thầy giáo, mẹ là thủ thư tại thư viện thành phố Gwangju, Hàn Quốc. Nhờ ngoại hình dễ thương, từ năm 12 tuổi, cô được mời làm người mẫu quảng cáo. Năm 1999, Geun Young lần đầu xuất hiện trên màn ảnh với phim tài liệu "On the way" - do Choi Jae Eun đạo diễn. Khuôn mặt trong sáng, nét diễn tự nhiên của sao nhí gây ấn tượng với các nhà làm phim.

Cô theo học trường tiểu học Maegok, trường cấp 2 Woosan, trung học nữ Gukje tại Gwangju, sau này lên Seoul học Đại học Sungkyunkwan khoa Văn học Hàn Quốc.